Lembaga pendidikan pesantren adalah suatu tempat yang memiliki fungsi mendidik putra-putri bangsa secara terencana, dinamis, dan kreatif; yang dilaksanakan secara holistic serta profesional edukatif menuju pembentukan pribadi yang madani dan Islami. Hal tersebut dilakukan untuk mencapai tujuan al-qurani dan cita-cita pendidikan nasional secara umum dan lembaga pendidikan tersebut secara khusus, serta anak didik secara optimal. Fungsi mendidik para santri dilakukan dalam rangka mengembangkan, membina, dan meningkatkan ilmu keagamaan dan umum para santri. Pengelolaan lembaga pendidikan pesantren sepatutnya dilakukan dalam/dengan kerangka-kerangka ilmiah, edukatif, relevan dan islami untuk mengembangkan dan meningkatkan santri secara optimal, serta sekaligus menjadikan tolok ukur keberhasilan penyelengaraan fungsi dan lembaga pendidikan pesantren.